Согласно ФЗ О воинской обязанности и военной службе:
1. В целях обеспечения воинского учета граждане обязаны:
сняться с воинского учета при переезде на новое место жительства или место пребывания (на срок более трех месяцев), расположенное за пределами территории, на которой осуществляет свою деятельность военный комиссариат, в котором они состоят на воинском учете, а также при выезде из Российской Федерации на срок свыше шести месяцев и встать на воинский учет в двухнедельный срок по прибытии на новое место жительства, место пребывания или возвращении в Российскую Федерацию
Для того что бы встать на воинский учет вам нужна только регистрация по месту пребывания сроком более чем на 6 месяцев.
Я бы Вам сейчас посоветовал начать проходить мед.обследование на предмет заболеваний, по закону освобождающих от службы. В военкомат пока не ходить. Если дело и будет заведено, то волноваться не стоит. В вашей ситуации доказать вину практически невозможно. Достаточно будет найти любого юриста, способного представлять Ваши интересы или заняться этим самостоятельно. Хотя сомневаюсь, что дело будет заведено.
Если захотите обратиться к нам, то желательно будет всё таки встать на учет в Новосибирске и проходить все здесь.
p.s. Если все же решите заняться этим самостоятельно, после того как все мед.документы будут готовы, пусть призывник идет в военкомат на мед.комиссию, выслушает решение. И если решение его не устроит - обращается в суд.