Здравствуйте.
Если коротко: требование о прохождении медицинского освидетельствования является законным.
Необходимость пройти очередную медкомиссию в военкомате обусловлена тем, что отсрочка от призыва на военную службу предоставляется только по решению призывной комиссии. В свою очередь, призывная комиссия не вправе принять решение об отсрочке (и любое другое решение) без проведения медицинского освидетельствования (без заключения врачей-специалистов о годности).
Указанный выше порядок предусмотрен законодательством РФ, в частности ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» и Положением о призыве на военную службу.
ссылки на закон:
При призыве на военную службу граждан, не пребывающих в запасе, на призывную комиссию возлагаются обязанности по организации “медицинского освидетельствования” и профессионального психологического отбора указанных граждан и принятию в отношении их одного из следующих решений:
о призыве на военную службу;
о направлении на альтернативную гражданскую службу;
о предоставлении отсрочки от призыва на военную службу;
об освобождении от призыва на военную службу;
о зачислении в запас;
об освобождении от исполнения воинской обязанности.
- п. 1 ст. 28 N 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»
Призывная комиссия принимает решение в отношении призывника только после определения категории годности его к военной службе. В случае невозможности дать медицинское заключение о годности призывника к военной службе на месте призывник по решению призывной комиссии или военного комиссара муниципального образования (муниципальных образований) направляется на амбулаторное или стационарное медицинское обследование в медицинское учреждение, после которого ему назначается явка на повторное медицинское освидетельствование и заседание призывной комиссии с учетом предполагаемого срока завершения указанного обследования.
- п. 13 Положения о призыве на военную службу граждан РФ
В Вашем случае, при завершении обучения по программе бакалавриата исчезли основания, по которым предоставлена отсрочка от призыва на военную службу. Вместе с зачислением в магистратуру появились и основания для предоставления отсрочки от призыва, но теперь необходимо пройти очередное медицинское освидетельствование в военкомате, иначе призывная комиссия не вправе принять решение о предоставлении Вам отсрочки на основании обучения в магистратуре.