Здравствуйте.
на какой курс он будет зачислен после возвращения из академотпуска ( на 3 или 4?)
По данному вопросу необходимо уточнять информацию в ВУЗе.
По нашему мнению, едва ли, после окончания академического отпуска обучение продолжается на том же курсе...
как в этом случае будет действовать отсрочка от призыва?
ссылки на закон
Право на предусмотренную настоящим подпунктом отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином:
получившим во время освоения образовательной программы академический отпуск или перешедшим в той же образовательной организации с одной образовательной программы на другую имеющую государственную аккредитацию образовательную программу того же уровня образования либо переведенным в другую образовательную организацию для освоения имеющей государственную аккредитацию образовательной программы того же уровня образования. Право на отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином по основаниям, предусмотренным настоящим абзацем, только при условии, если общий срок, на который гражданину была предоставлена отсрочка от призыва на военную службу для обучения в данной образовательной организации или в образовательной организации, из которой осуществлен перевод, не увеличивается или увеличивается не более чем на один год;
- пп. "а" п. 2 ст. 24 N 53-ФЗ "О воинской обязанности и военной службе"
Таким образом, если гражданину представляется академический отпуск на срок не более 1-го года (или ровно на 1 год), в таком случае, право на отсрочку сохраняется.
Если предположить, что академический отпуск оформлен при обучении на 4-м курсе, а после окончания срока академического отпуска молодой человек продолжит обучение на 3-м курсе, в таком случае, общий срок обучения увеличивается на 2 года и право на отсрочку не сохраняется (это предположение, скорее, из области, не имеющей прецедентов на практике; едва ли, возможно оформление академического отпуска при обучении на 4-м курсе, а продолжение обучения на 3-м курсе).