Здравствуйте.
Так ли это на самом деле, правомерны ли действия военкомата? Если нет, то что делать в данном случае?
Нет, указанное не соответствует законодательству РФ.
Если при обучении в ВУЗе по программе бакалавриата Вам была предоставлена первая отсрочка от призыва (т.е. не пользовались ранее правом на отсрочку, предусмотренным пп. «а» п. 2 ст. 24 N 53-ФЗ), в таком случае, Вы имеете право на отсрочку в связи с обучением по программе магистратуры.
Направление (специализация), при рассмотрении вопроса о наличии оснований для предоставления отсрочки от призыва, не имеет значения.
Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане,
обучающиеся по очной форме обучения в образовательных организациях и научных организациях по имеющим государственную аккредитацию:
...
программам магистратуры, если указанные обучающиеся не имеют диплома специалиста или диплома магистра и поступили на обучение по программам магистратуры в год получения высшего образования по программам бакалавриата, - в период освоения указанных образовательных программ, но не свыше установленных федеральными государственными образовательными стандартами, образовательными стандартами сроков получения высшего образования по программам магистратуры.
Предусмотренная настоящим подпунктом отсрочка от призыва на военную службу предоставляется гражданину только один раз, за исключением одного из случаев, если:
...
первая отсрочка от призыва на военную службу была предоставлена гражданину в соответствии с абзацем седьмым настоящего подпункта, гражданин повторно может воспользоваться правом на отсрочку от призыва на военную службу в соответствии с абзацем девятым настоящего подпункта.
- пп. «а» п. 2 ст. 24 N 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»
Как видим, законом не предусмотрено требований к направлению (специализации).
Если в отношении Вас примут решение о призыве на военную службу, рекомендую, обратиться в призывную комиссию субъекта РФ с соответствующей жалобой. При этом, реализация решения о призыве будет приостановлена (по результатам рассмотрения жалобы, в данном случае, можно быть уверенным, решение должно быть в Вашу пользу).