Здравствуйте.
Если лечащий врач, которым проводится обследование по направлению призывной комиссии, внесёт результаты в акт исследования состояния здоровья, остальное не имеет значения.
Вам выдали
направление в медицинскую организацию с целью уточнения диагноза, все остальные действия уже в компетенции лечащего врача (независимо от рекомендаций, указанных в направлении от военкомата; т.е. лечащий врач вправе как назначить обследование, так и заполнить акт без дополнительного обследования).
Ключевым документом является акт исследования.
Если в военном комиссариате отказываются принять акт с результатами обследования по направлению призывной комиссии, Вы вправе обратиться в прокуратурою с жалобой на действия должностных лиц, но существует и другой вариант действий, позволяющий обойти «преграду» и тем самым решить проблему:
Для примера...
Приносите в военкомат результаты обследования, но Вам сообщают, что проходить обследование в частной клинике нельзя (разумеется, такие высказывания не имеют законного основания, но вступать в устный спор бессмысленная трата времени). После визита в военный комиссариат, Вам необходимо в свободной форме составить заявление о приобщении документа к личному делу призывника и вместе с актом подать в делопроизводство военкомата.
Полезная статья: О приобщении документов в военкомате