Как я понял если негоден, вроде должны военный билет выдавать после мед.комиссии?
Если Вы предоставили в военный комиссариат справку об обучении в ВУЗе, значит, Вы претендуете на отсрочку по учебе (Вы же сами ее предоставили, Вас никто не заставлял). А значит, военный комиссариат вынесет решение об отсрочке, если Вы не уведомите их письменно, что реализовывать право на отсрочку Вы не хотите. После этого решение будет выноситься в зависимости от категории годности, определенной врачами.
И что делать, идти по их системе, или есть другой выход?
Без понятия, о какой системе идет речь. Как действовать, решать Вам.
Если хотите сейчас военный билет и уверены в своих силах, тогда отказывайтесь письменно от права на отсрочку и добивайтесь освобождения от призыва. Если не уверены, тогда можете взять отсрочку, "подкопить" историю болезни и бороться за право на освобождение от призыва после.